Se llamaba Juan Francisco y era hijo del vizcaíno de Somorrostro Tomás de la Bodega y de Francisca de Mollinedo. Nació en Lima, en mayo de 1744. En la segunda mitad del siglo, levó anclas y llegó hasta la costa noroeste de América. Tenía como misión explorar nuevos territorios y descubrir el paso por el noroeste, un estrecho que conectara por el extremo norte el océano Pacífico con el Atlántico
El marino Juan Francisco de la Bodega llegó a ser comandante de la base naval de San Blas en Nueva España y caballero de Santiago. De carácter y espíritu indomable, fue uno de los descubridores de las costas de Canadá y Alaska. En sus viajes realizó varios descubrimientos de parajes, puertos y ensenadas, quedando constancia en una bahía bautizada con su apellido y en una isla, descubierta en unión de George Vancouver.
En el primer viaje, planeado por el virrey Bucarelli con objeto de tener un conocimiento más exacto de la costa de Nueva California, participaron tres buques: la fragata Santiago, mandada por el bilbaíno Bruno de Hezeta Fontecha, la goleta Felicidad o Sonora, mandada por Bodega, y el paquebote San Carlos, al mando de Juan de Ayala. De ellas, sólo la goleta gobernada por Bodega y Quadra llegó a alcanzar los 58° de latitud norte, con una tripulación de 14 hombres y un piloto.
El noroeste de América fue la última parte del planeta en retener sus secretos para los europeos. La expansión de los rusos desde la costa oriental siberiana provocó la reacción de los gobernantes españoles, que organizaron varias expediciones a la zona. Estas empresas perseguían "el descubrimiento del fin del mundo", esto es, alcanzar la región de la Tierra más alejada por mar para los navíos que partían del viejo continente.
Bodega fue una suerte de etnólogo y naturalista. Los tres diarios de sus expediciones (1775, 1779 y 1792) son documentos inapreciables para estudiar las costumbres de los naturales de la costa norteamericana. La serie de cartas geográficas que trazó, que se encuentran en el Archivo General de Indias de Sevilla y en el Museo Naval de Madrid, confirman su experiencia como cartógrafo. De sus trabajos merecen destacarse un plano del puerto de los Remedios, un plano del puerto de Bucarelli, un plano del puerto de Bodega y una carta reducida de las costas y mares septentrionales de California, así como diversas cartas geográficas sobre lugares de la costa de California, actual Canadá y Alaska, que se conservan en el Museo Naval de Madrid.
Juan Francisco de la Bodega surcó las costas del noroeste del continente americano y llegó hasta la lejana Alaska en 1775. Durante su periplo explorador tomó posesión de bahías y ensenadas e hizo registro detallado de cuantos accidentes geográficos encontró. Uno de los hombres a su mando, Manuel Quimper, fue el primer occidental en desembarcar en la isla de Vancouver. Como cuenta él mismo, lo hicieron "lidiando los más furiosos huracanes en la mar (...) escaso de aguada, falto de cirujano, sin un capellán que sirviese a los consuelos espirituales, desamparados de todo recurso humano".
En su Diario de 1792, refiriéndose a los indígenas que vivían en el estrecho de Nutka, en la costa occidental de Vancouver, escribe Bodega: "Diría que todos generalmente carecen de hiel, pues nunca tomaron venganza por su mano, aun cuando se veían agraviados por algunos de los perversos que jamás faltan en las tripulaciones a pesar de las órdenes, cuyo exceso contuve con sólo un castigo que les sirvió de escarmiento y a ellos de idea de nuestra justicia".
